2003 г.
2 януари - Новият закон за вероизповеданията влиза в сила (вж. обнародвания в ДВ текст тук
). Tой признава Св. Синод "ex lege", т.е. по силата на самия закон и оставя възможността „алтернативният синод" на Инокентий да се регистрира с ново, различно име, но го задължава да върне всички заграбени, конфискувани и одържавени имоти, принадлежащи на БПЦ.
8 януари – Светият синод на БПЦ в свое обръщение към народа привества приемането на новия Закон за вероизповеданията.
Май - СДС иска неофициално експертиза на Закона за вероизповеданията от Съвета на Европа.
6 юни - В специално писмо, изпратено до парламента, Съветът на Европа изпраща експертизата на Закона за вероизповеданията, с което защищава закона за вероизповеданията. В експертизата законът е определен като значителен напредък в защитата на религиозните права и свободи и в изпълнение на международните норми. Специално е споменато, че няма никакви пречки Българската православна църква да бъде призната за традиционна религия, тъй като в световната практика има случаи и на признаване на държавни религии. Напр. в православните Гърция и Кипър и протестантските Великобритания (Англиканската църква) и в скандинавските държави (Лютеранската църква) по конституция са официална държавна религия и тяхното ръководство не подлежи на съдебна регистрация.
15 юли – Конституционният съд отхвърля искането на депутати от СДС за обявяване на Закона за вероизповеданията за противоконституционен – Решение № 12 по к.д.№ 3 от 2003 г.
28 юли - Въпреки изричните разпоредби на новия закон политическите поддръжници на разкола, със заповед на заместник-кмета на Столична община Петър Станков (изпълняващ тогава функцията на кмет; деец на Демократическата партия), в регистъра на вероизповеданията на територията на София са вписани 33 настоятелства на храмове на "алтернативния синод", които се представят за местни поделения на "Светия Синод на Българската православна църква". Вписването е базирано на напълно нередовни документи.
Септември - Разколникът Инокентий прави опит да регистрира в Софийски градски съд "алтернативния синод" като единствен. Съдът отказва да го впише с името "Българска православна църква", защото молбата не е подадена от лице, което я представлява. Това поставя "алтернативния синод" изцяло извън закона. Решението е съобразено със Закона за вероизповеданията, който изключва възможността лица, които са излезли от лоното на Православната църква да използват името й и да предявяват претенции към имуществото Й. При положение, че се регистрират в съответствие със закона, законът не оспорва правото на вероизповедание на разколниците, както и правото им да се обединят в една религиозна общност.
4 ноември - Софийският апелативен съд потвърждава решението на Софийския градски съд. В провинцията регистрацията на църковни настоятелства на "алтернативния синод" все още е валидна.
2004 г.
8 януари - Върховният касационен съд потвърждава решението на Софийския градски съд, с което разколническият синод е окончателно поставен вън от закона.
Юни - С нотариална покана, отправена до "алтернативния синод" на Инокентий, Негово Светейшество Патриарх Максим, в съответствие със закона, иска от разколниците да спрат да се представят за членове на БПЦ, да освободят окупираните храмове и да предадат владението на цялата движима и недвижима църковна собственост на Светия Синод. Патриарх Максим призовава чрез нотариални покани всички отделили се да се покаят и да се върнат в лоното на Църквата. Разколниците игнорират поканата и не освобождават доброволно заетите от тях имоти.
Българската православна църква иска съдействието на Прокуратурата да бъдат отстранени действията на отцепниците. 22 юли 2004. Прокуратурата взема решение свещениците, окупирали досега близо 250 храма, параклиси и манастири, да бъдат изведени насила. С прокурорско разпореждане полицията започва акция по възстановяване на законните и канонични права на БПЦ в цялата страна за отстраняването на свещениците на Инокентий. До третия ден всички окупирани храмове в столицата са запечатани и предадени на свещеници от БПЦ.
Предаването на по-голямата част на църковните имоти в страната става без сътресения, но петдесетина свещеника в 30 църкви оказват съпротива. В някои от тях се е достига дотам, че органите на реда насилствено да извличат барикадиралите се свещеници и миряни и да изкъртват църковните врати. При разразилите се грозни сцени, някои от неподчинилите се са откарани в полицията, други се нуждаели от медицинска помощ. Полицията запечатва и свещоливницата в столичния квартал "Илиянци". Пред храмовете в София и страната е поставена полицейска охрана и се прави опис на документи и имущество. До третия ден единствено църквите в Банско и Разлог остават във владение на "алтернативния синод". Подкрепяни от кметовете на двата града, свещениците отказват да предадат ключовете на полицията и следователите.
23 юли - По разпореждане на главния прокурор Никола Филчев Върховната касационна прокуратура образува следствено дело срещу "синода на Инокентий" и го възлага на Националната следствена служба. Обвиненията са по член 206 и 274 от Наказателния кодекс за незаконно владеене на чуждо имущество, самоволно действие и самоуправство - за обсебване на църковно имущество и вещи, принадлежащи на Православната църква, както и за използване на идентични наименования с тези на Българската православна църква - име, печат и документи.
Срещу Инокентий и още седем души от бившия алтернативен синод има и друго следствено дело - за обсебване на имущество в особено големи размери.
БПЦ отново призовава отцепниците да се покаят и да се върнат в Църквата.
Септември – 41 свещеници от разколническия „синод” искат политическо убежище от държавите-членки на НАТО и ЕС с твърдението, че се нарушава правото им на религия и изповедание. Такова, естествено, не им е предоставено, тъй като чуждите правителства преценяват молбите им като неверни и неоснователни. В Европейския съд по правата на човека в Страсбург са подадени и две искания срещу България и срещу патриарх Максим. Едното от тях е от Инокентий, а другото - от група граждани, сред които и Анатолий Балачев.
Ноември - След пенсионирането си през октомври 2004 свещ. Анатолий Балачев (един от идеолозите на разкола, заемал в продължение на повече от 6 години длъжността главен секретар на "синода" на Инокентий), изпраща покайно писмо до Светия Синод на БПЦ. Епархийският съвет на Софийска митрополия удовлетворява молбата му и той се връща в лоното на Църквата.
2005 г.
Януари-февруари - разколникът Инокентий е формално освободен от поста наместник-председател на "Алтернативния синод". Неговото място заема 90-годишният епископ Борис Пловдивски. Разколниците завеждат иск за 200 милиона евро в Европейския съд по човешките права в Страсбург, които държавата да им плати като компенсация за "неправомерното им изгонване от храмовете" на 21 юли 2004 година.
Март - Разколът е сведен до минимум - от общо 50-60 свещеници-разколници в цялата страна, 40-45 свещеници и двама епископи се връщат в БПЦ, в това число някои яростни противници на патриарх Максим, като вече споменатия бивш секретар на разколническия „синод” на Инокентий отец Анатолий Балачев и отец Веселин Арнаудов. Извън БПЦ остават само неколцина свещеници, ръкоположени по времето на разкола, както и такива, които са загубили качествата да бъдат православни духовници, тъй като имат втори или трети брак или съществува някаква друга причина, поради която не могат да са духовници.
12 април - В Софийския районен съд е внесен обвинителен акт против Инокентий за самоволното подписване и подпечатване от него на 439 документа от 2 януари 2003 г. до 6 юли 2004 г., в които се е представял за Наместник председател на Светия Синод и Софийски митрополит, какъвто е Н.Св. патриарх Максим (Престъпление по чл. 274, ал.1 от НК). По друго дело разколниците са обвинени, че са обсебили в особено големи размери църковни имоти.
2006 г.
1 февруари - В Софийския районен съд започва делото против Инокентий. В ход е и съдебно дело за обсебването на големи размери имоти от Българската Православна Църква.
2008 г.
Май и Октомври - Шести Църковно-народен събор на БПЦ. Приет е нов Устав на БПЦ –прочети тук.
